滨州医学院教务处是对学校本科教育教学工作进行宏观管理的职能部门，把握高等教育基本规律和人才成长规律，贯彻学校办学理念，对教与学进行有效的组织、管理、协调和监督，确保本科教学过程顺利进行和教学质量不断提高，实现学校人才培养目标。

教务处设招生考务办公室、教务科、学籍管理科、教材科、教学建设科、实验教学管理科、实践教学管理科、实践基地管理科、现代教育技术中心、实验动物中心、高等教育研究中心、PBL教学中心、淄博教学基地、滨州教学基地、威海教学基地等科室。